Через несколько месяцев после начала Русско-японской войны 1904–1905 гг. И.Ф. Лихачёв, не сомневавшийся в победе России, подготовил письмо императору Николаю II о необходимости упрочения положения на Тихом океане. В нём он указал, что «остров Тсу-сима с одним из великолепнейших портов света… может быть отнесён к числу первостепенных стратегических пунктов, как, например, о. Мальта в Средиземном море, хотя Тсу-сима во всех отношениях лучше этого последнего. Если Россия по окончании войны займёт упомянутый остров и обратит его в первостепенный военный порт, то мы отрезываем Японию от материка и делаем немыслимым в будущем её военные предприятия…».
Ровно через год 2-я Тихоокеанская эскадра под командованием вице-адмирала З.П. Рожественского была разгромлена именно под Цусимой, а неудачная война с Японией стала одной из главных причин Первой русской революции 1905–1907 гг.
Поражение России в войне с Японией и разгром флота стали серьёзным потрясением для вице-адмирала И.Ф. Лихачёва. Эти трагические события не только пагубно отразились на здоровье старого моряка, но и подтвердили правильность геостратегического замысла 35-летнего капитана 1-го ранга И.Ф. Лихачёва об устройстве морской станции (по сути – военно-морской базы) на острове Цусима (1861), к сожалению, оставшегося неосуществлённым.
Более счастливая судьба ожидала идеи И.Ф. Лихачёва о Генеральном штабе во флоте (1888). Неудачи в войне с Японией привели правительство России к необходимости реформ в армии и флоте. Одной из них стало учреждение 24 апреля 1906 г. Морского генерального штаба – как бы подарок к 80-летию И.Ф. Лихачёва, пусть и запоздавший.
Через полтора года, 15 ноября 1907 г., вице-адмирал И.Ф. Лихачёв скончался в Париже. Еще при жизни, он завещал себя похоронить, непременно, на родной земле. Иван Федорович упокоился на кладбище Свияжского Успенского монастыря, рядом с могилой своей матери, скончавшейся в 1880 г. Однако в 1930-е годы некрополь с захоронениями Лихачёвых возле восточной стены Богородице-Успенского собора был разрушен, и надгробие вице-адмирала оказалось утрачено.
На протяжении многих лет Иван Федорович Лихачёв собирал библиотеку в соответствии со своей профессиональной деятельностью и научными интересами. Историю возникновения и развития интереса к наукам мы можем проследить по биографическому очерку, написанному Н. П. Лихачевым в память об Иване Федоровиче и опубликованном в «Ежегоднике Казанского городского научно-промышленного музея за 1908 год»: «Вскоре после окончания Морского корпуса… Иван Федорович Лихачев почти три года провел в заграничном плавании... В этот период молодой моряк жадно изучал морскую и военную историю, искусство кораблестроения, артиллерийское дело. Попутно он слегка знакомится с турецким языком и отдает дань прадедовской и отцовской страсти к археологии, посещает развалины, осматривает древности. .... Знакомство с Европой еще более утвердило молодого офицера в сознании важности знания. Можно сказать, что с этого времени и до самой смерти он не переставал учиться».
И, конечно, с этого времени и на протяжении всей жизни Лихачев собирает свою уникальную библиотеку.
Далее мы читаем в биографическом очерке, что за годы службы И. Ф. Лихачев «знакомится с весьма многочисленными политическими, общественными и учеными деятелями, досуг от службы заполняет изучением новых языков, принимается за общую историю и историю искусств». Выйдя в отставку И. Ф. Лихачев «дает волю ... неутомимой жажде знания... Несколько лет посвящаются изучению греческого, латинского, чешского, польского языков. В археологии бывший моряк достигает поразительных результатов - первобытные древности, древности Востока, византийская, средневековая и русская археология его одинаково интересуют, ему одинаково знакомы.
Часть книг своей библиотеки, относящихся к военно-морской тематике, Лихачев завещал Морскому корпусу в Санкт-Петербурге. А коллекции и книги по истории, археологии и искусству - Казанскому городскому музею.
В документе Российского императорского генерального консульства в Париже указано, что «завещанное Казанскому городскому музею имущество состоит из: 13 картин различных художников, 1 старинного каменного барельефа и 2789 томов книг и альбомов с фотографиями. Все эти предметы уложены в ящики, числом 48, из которых 41 с книгами, 1 с альбомами, 5 с картинами и 1 с барельефом».
В 1908 году ящики прибыли в Казань. Картины, вероятно, распаковали сразу, ящики с книгами оставались неразобранными до 1915 года. Сказалось отсутствие специальных помещений и недостаток книжных шкафов для размещения библиотеки. В 1915 году разобрал книги и составил каталог М. И. Лопаткин - книголюб, коллекционер, знавший несколько иностранных языков. В 1930 году музей и библиотека музея были присоединены к Татарскому научно-исследовательскому экономическому институту. Затем фонды библиотеки института вошли в состав Научной библиотеки Татреспублики при Казанском университете.
Большая часть книг на иностранных языках: французский, английский, немецкий, итальянский, испанский, славянские языки. Книг на русском языке около 1/3 от общего количества. По содержанию: книги по истории, археологии, географии, искусству, архитектуре, различные справочники и путеводители, словари и учебная литература по разным языкам, включая арабский; периодические издания.
В настоящее время библиотека «Лихачевского музея» - книги А.Ф. Лихачева и И.Ф. Лихачева хранятся в фонде Научной библиотеки Казанского федерального университета. При передаче книг университету была сохранена целостность библиотеки «Лихачевского музея» – книги размещены в том же порядке, как хранились прежде.
Иван Федорович остался не только в памяти казанцев и служителей флота, но и на географической карте. Именем вице-адмирала Ивана Фёдоровича Лихачёва названы три географических объекта: пролив Лихачёва в Охотском море, который разделяет остров Спафарьева и полуостров Хмитевского (мыс Северный и мыс Шестакова соответственно); Мыс Лихачёва в Анадырском заливе (в бухте Комсомольская); Мыс Лихачёва в заливе Петра Великого (в бухте Тунгус).
