Ходивший по морям Дальнего Востока И.Ф. Лихачёв отчётливо понимал, что нужно сделать для укрепления там позиций России. В начале 1859 г. он подал генерал-адмиралу «Записку о состоянии русского флота», в которой доказывал необходимость создания в морях Дальнего Востока самостоятельной эскадры. Это предложение было особенно актуальным в 1858–1860 гг., когда Великобритания и Франция высадили войска в Китае. По мысли И.Ф. Лихачёва, союзники могли захватить и побережье Уссурийского края.

В начале января 1860 г. Особый комитет во главе с императором Александром II решил собрать «Русскую эскадру в китайских водах» под командованием И. Ф. Лихачёва, и с этого началась его недолгая политическая деятельность. По инициативе И.Ф. Лихачёва 11 апреля 1861 г. десантом была занята Новгородская гавань в заливе Посьета. В сложных условиях он не только сформировал Русскую эскадру, но и обеспечил успешное проведение переговоров в Китае русского посланника Н.П. Игнатьева, заключившего 2 ноября 1860 г. Пекинский договор. Этот дипломатический документ закреплял границы между Россией и Китаем по рекам Амуру и Уссури. Всё побережье Приморья до границы с Кореей считалось теперь российской территорией.

После подписания Пекинского договора Россия стала великой Тихоокеанской державой. И заслуга в этом И.Ф. Лихачёва была несомненной. Обо всех его достижениях генерал-адмирал сообщал императору. В ознаменование заслуг в апреле 1861 г. И. Ф. Лихачёву был присвоен чин контр-адмирала и вручен орден Св. Владимира 3-й степени.

После Китая И.Ф. Лихачёв обратил внимание на Японию. Обладая стратегическим видением, контр-адмирал настойчиво хлопотал о создании на острове Цусима российской наблюдательной станции. Закрепление острова за Россией И.Ф. Лихачёв считал крайне необходимым, «ибо здесь идёт прямой путь и к Китаю, где мы не раз будем призваны играть какую-нибудь роль, и к важнейшим пунктам Японской империи, главные города и главные силы которой сгруппированы в южной части её владений».

Получив письменное разрешение великого князя, Иван Фёдорович организовал весной и летом 1861 г. морскую станцию на Цусиме, что позволяло России контролировать стратегически важный Корейский пролив. Однако противодействие со стороны министра иностранных дел А.М. Горчакова и давление недавнего противника в Крымской войне – Великобритании помешали Лихачёву полностью реализовать свой «Цусимский проект». По требованию японских властей (по сути, англичан) И.Ф. Лихачёв был вынужден в сентябре 1861 г. прекратить работы на Цусиме. В середине октября он покинул Японию и отправился на родину.