Назначение Лихачёва за границу в 1867 г. было связано с тем, что великий князь Константин Николаевич, будучи с 1865 г. председателем Государственного совета, делегировал основную часть своих полномочий по руководству флотом управляющему Морским министерством Н.К. Краббе, который, как опытный чиновник, удалял возможных конкурентов. Военно-дипломатическая служба И.Ф. Лихачёва за границей затянулась на долгие 15 лет. В 1874 г. он был произведён в вице-адмиралы, получил ордена Белого Орла и Св. Александра Невского. Но о возвращении в Россию и применении полученных в Европе знаний не шло и речи.

Вступивший в 1881 г. на престол император Александр III не одобрял реформ и образ жизни великого князя Константина Николаевича, и генерал-адмирал оказался в опале. Вскоре дела по управлению флотом были переданы брату императора – генерал-адмиралу великому князю Алексею Александровичу. Вице-адмиралу И.Ф. Лихачёву была предложена должность председателя Морского технического комитета в реформированном Морском министерстве, однако он отказался от предложенной чести и подал в отставку, что поразило многих моряков. В 1883 г. 57-летний И.Ф. Лихачёв был уволен – официально по болезни, с мундиром и пенсией.

Выйдя в отставку, И.Ф. Лихачёв продолжал жить в Европе, изредка приезжая в Россию. Он не порвал связи с флотом, занялся научной работой, старался знакомить русских морских офицеров со всеми полезными для них новинками, появлявшимися за границей, рецензировал и переводил на русский язык труды иностранных морских специалистов, изобретателей, флотоводцев.

В то же время он продолжал серьёзно заниматься теоретическими проблемами военно-морской тактики и введения новых видов вооружения. Его интересные, содержащие новаторские идеи статьи появлялись то в «Морском сборнике», то в «Русском судоходстве»– они не были подписаны или печатались под инициалами «И. Л.».

И вновь его мысли носили пророческий характер. И.Ф. Лихачёвым вполне обоснованно критиковались порядки морского ведомства, вызвавшие застой военной мысли на флоте Он настаивал на необходимости создания специального органа оперативно-стратегического руководства морскими силами государства – Морского генерального штаба. Статья имела положительный отклик в России и за рубежом, но руководство Морского министерства проигнорировало работу.