Если Иван Фёдорович Лихачёв известен более всего как кадровый морской офицер и стратег, то его «гражданская» сторона деятельности – занятие археологией, педагогикой, участие в становлении музейной системы России известна лишь небольшому кругу специалистов. Выйдя в отставку, Иван Фёдорович поселился в Париже. В последние годы жизни бездетный старый холостяк весь ушёл в педагогику и писал статьи не только об университетах, среднем и высшем образовании, но и о дошкольном воспитании, о роли и влиянии матерей. Брошюры эти печатались лишь для раздачи немногим знакомым – они стали криком души патриота, озабоченного будущностью родины.

Он занялся изучением языков (знал английский, французский, немецкий, греческий, латинский, польский, чешский), увлекался историей церковнославянского и русского языков. Одновременно продолжал размышлять о развитии русского флота, например, в работе «Реформы, в которых нуждается личный состав флота» (Ницца, 1899).

Необходимо отметить, что именно Иван Лихачёв принимал непосредственное участие в создании первого казанского публичного (общедоступного) музея – Казанского городского научно-промышленного музея (открыт в 1895 г.).

У истории возникновения этого замечательного учреждения не менее замечательная предыстория. В 1890 г. умирает после скоротечной болезни младший брат Ивана Фёдоровича Андрей, не оставивший после себя духовного завещания. Поэтому его почти 40-тысячное собрание, включавшее археологический материал, собранный в Болгаре, на неолитических стоянках Среднего Поволжья, в антикварных салонах и у старьевщиков, собрание копий произведений выдающихся европейских живописцев, собрание восточной и европейской нумизматики, медальонного искусства, этнографические экспонаты, юридически перешло по наследству его вдове Раисе Ивановне. В подобных случаях уникальную и универсальную коллекцию могла постичь участь разделения и перепродажи на антикварных рынках, если бы не неожиданный и действительно благородный поступок Ивана Фёдоровича: в 1891 г. он выкупил коллекцию у вдовы своего брата и передал в дар Казанской городской думе на хранение – до открытия музея.

Роль Ивана Фёдоровича в создании в Казани первого публичного музея была решающей – он стал его основателем. Не будь такого великодушного и смелого поступка – выкупа коллекции своего покойного брата, собрание Казанского городского музея было бы весьма незначительным.

К этому времени И.Ф. Лихачёв был достаточно начитанным в гуманитарной литературе человеком, имевшим определенные представления об организации музейного дела и его задачах. Иван Лихачёв до конца жизни проявлял серьезный интерес к музейному делу. Он систематически посещал экспозиции многих европейских городов, знакомился с музейными деятелями, учеными, вел переписку, сам же собирал коллекции живописи, гравюры, нумизматики и археологии. Он дружил с руководительницей Московского археологического общества графиней П.С. Уваровой, и, возможно, именно под ее влиянием написал две статьи для сборника трудов VII Археологического съезда (Ярославль, 1887 г.). Поэтому, имея такой основательный опыт, он предлагает создать в Казани общедоступный (на языке того времени – публичный) музей, в основу которого должна была быть положена коллекция покойного брата. Так меценатство и теоретические основания Ивана Фёдоровича подготовили почву для создания музея.

Теперь дело стало за правящими кругами и казанскими благотворителями. Большую роль в создании музея сыграла деятельность энергичного и добросовестного городского головы Сергея Викторовича Дьяченко, взявшего на себя нелегкий труд по продвижению идеи в столичных министерских кругах. Эта эпопея, длившаяся почти 5 лет, продемонстрировала не только саму сложность реализации столь масштабного проекта, но и готовность различных общественных сил принять участие в его создании.

Наиболее известен акт величайшей щедрости вдовы генерала А.К. Гейнса, жительницы Казани Ольги Сергеевны Гейнс (ур. Александрова), пожертвовавшей 300 тыс. руб. на приобретение здания для музея. В качестве места будущего музея был выбран Гостиный двор – П-образное здание начала XIX в., стоявшее на Ивановской площади напротив Казанского Кремля. Само место было достаточно известно еще с XVII в. как торговое пространство, однако нередко страдало из-за пожаров. Император Павел I, посетивший Казань в 1798 г., обратил внимание на состояние здания Гостиного двора и приказал его восстановить; в 1800 г. архитектором Ф.Е. Емельянов началось строительство нового комплекса Гостиного двора, дошедшего с некоторыми изменениями до наших дней. В 1895 г. северная часть Гостиного двора была реконструирована под городской музей: произведена перепланировка помещений (при сохранении системы сводчатых перекрытий и анфилады), музей получил парадный вход, декорированный скульптурой и лепниной. Топография здания, освещенность, расположенность в самом центре города делали его исключительно удобным для будущего музея.

Торжественное открытие музея состоялось 17 апреля 1895 г. В музее были учреждены пять отделов – Лихачевский, естественно-исторический, историко-этнографический, учебный, промышленный, председателями которых были назначены профессора Казанского университета и видные предприниматели. С этого момента и до настоящего времени этот музей, несмотря на все сложности политического и иного характера существует в Казани, ныне – как Национальный музей Республики Татарстан.